Sytuacja Żydów uległa znacznemu pogorszeniu w okresie rozbiorów. Pod zaborem rosyjskim znalazło się 1271 tys. Żydów, pod pruskim 50 tys., a pod austriackim 800 tys., co daje łącznie 2121 tys. Rząd rosyjski nałożył na nich liczne restrykcje, a Prusacy i Austriacy próbowali ich zgermanizować.

Car Aleksander I promulgował statut żydowski, na mocy którego Żydom nie wolno było zamieszkiwać na terenach wiejskich Rosji, ani uczęszczać do szkół państwowych, nosić gabardyny i jarmułek, mówić po hebrajski ani w jidysz. Musieli mówić wyłącznie po rosyjsku. W 1827 roku car Mikołaj I nakazał wcielenie do wojska większej liczby Żydów. Jednak Aleksander II zezwolił swemu zastępcy w Polsce, margrabiemu Wielopolskiemu, na udzielenie Żydom kilku koncesji, takich jak prawo kupna ziemi czy nieruchomości. Część Żydów brała udział w powstaniu 1863 roku, w wyniku czego prawa Żydów zostały cofnięte. Z drugiej strony, koncesje uzyskane przez Wielopolskiego oraz wspólna niedola pod władzą Rosji, zbliżyły oba narody i przyczyniły się do pewnej asymilacji polskich Żydów.

W samej Rosji, po próbie zamachu na cara Aleksandra II, nasiliły się prześladowania i pogromy Żydów. Rosyjskie słowo pogrom określa działanie Rosjan.

Później zyskało ono szersze znaczenie, lecz często stosowano je w niewłaściwym sensie. Rząd rosyjski rozkazał przymusowe deportacje Żydów z Rosji do krajów przez nią okupowanych. Polscy Żydzi nie cieszyli się z napływu Litwaków (mówiących po rosyjsku), ci jednak z biegiem czasu zasymilowali się.

W zaborze pruskim Fryderyk II nakazał deportacje ubogich Żydów. Każdy, kto nie mógł udowodnić, że posiada majątek o wartości co najmniej 300 talarów, był deportowany, a pozostali Żydzi musieli posługiwać się językiem niemieckim. Ubodzy Żydzi przenosili się do Polski, która pozostawała pod rządami Rosji.

W zaborze austriackim cesarz Józef II ogłosił tzw. Akt o Tolerancji, który dawał Żydom wolność religii i handlu, utrzymując jednocześnie zakaz sprzedawania alkoholu oraz dzierżawy ziemi, młynów i pobierania myta. Ponadto Żydzi musieli przyjąć niemieckie nazwiska nadane im przez władze. W roku 1867, gdy monarchia habsburska przekształciła się w konstytucyjne Cesarstwo Austro-Węgierskie, wszyscy obywatele otrzymali równe prawa, bez względu na wyznanie i pochodzenie. Część Polski pozostająca pod zaborem austriackim (Galicja) otrzymała pewną autonomię, a jej ciało prawodawcze, wybrane w 1868 roku, zniosło wszystkie restrykcje wobec Żydów. Asymilacja postępowała w takim tempie, że w 1910 roku 925 na tysiąc Żydów uważało się za Polaków.