Dekret Hitlera z 12 października 1939 roku uprawomocniał powstanie tak zwanej Generalnej Guberni, liczącej 12 milionów ludności. Tworzyło ją województwo lubelskie, część lwowskiego oraz większość warszawskiego, krakowskiego i kieleckiego. Początkowo Generalna Gubernia była przeznaczona dla Polaków. Mieli się oni stać narodem niewolników, źródłem siły roboczej, przeznaczeni do wyniszczenia w późniejszej fazie realizacji planu Hitlera (Generalny Plan Wschodni), albo przez liczną kolonizacje niemiecką, bądź przez podjęte środki zmierzające do zniszczenia biologicznego (np. rozdzielanie małżeństw, głód, nadmierną pracę), lub ostatecznie - zakładając oczywiście zwycięstwo nad Związkiem Sowieckim - przez deportację wszystkich Polaków, którym udało się przeżyć, na Syberię. Według tego planu, tylko los Żydów miał być gorszy od losu Polaków. Mieli oni być zamykani w gettach na terenie Generalnej Guberni i zabijani w obozach koncentracyjnych już w pierwszej fazie planu.

Na terenach zajętych przez obu okupantów pierwszy atak skierowany był przeciw inteligencji, tak zwanej klasie wiodącej, przeznaczonej do unicestwienia. Indywidualne aresztowania przeprowadzano na skalę masową. Aresztowani byli przywódcy polityczni i społeczni, deputowani i senatorowie, profesorowie i uczeni, sędziowie, adwokaci, lekarze, przemysłowcy, urzędnicy rządowi, oficerowie rezerwy. W Warszawie najpierw trafiali oni na Pawiak, a później byli wywożeni do obozów koncentracyjnych w Niemczech. Gdy 14 czerwca 1940 powstał obóz w Oświęcimiu, tu przywożono większość więźniów. Operacja wymierzona przeciw inteligencji rozpoczęła się 6 listopada 1939 roku aresztowaniem 115 profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego. Wywieziono ich do obozu Sachsenhausen, gdzie wielu z nich zginęło. Pierwsze masowe egzekucje miały miejsce w podwarszawskim Wawrze 27 grudnia 1939. Tego dnia 107 ludzi wywleczono nocą z domów i rozstrzelano w odwecie za zranienie “przez polskich przestępców dwóch niemieckich żołnierzy”. Poczynając od 20 czerwca 1940 roku przeprowadzano masowe egzekucje w Palmirach. Pierwsza łapanka uliczna miała miejsce w Warszawie 8 maja 1940. Tego dnia złapano i wywieziono do obozów w Rzeszy ponad tysiąc osób, z których wielu nigdy nie powróciło. Podobne łapanki odbywały się również w innych miastach Generalnej Guberni. 25 listopada 1940 roku zamknęła się brama getta żydowskiego odcinając od świata 500 000 Żydów skazanych w ten sposób na śmierć głodową, lub - jeśli udało im się przeżyć - śmierć w obozach koncentracyjnych w Treblince, w Chełmie, w Oświęcimiu oraz w wielu innych miejscach. Postępujące po sobie fale terroru zmierzały do stopniowego wyniszczenia ludności miejskiej, szczególnie inteligencji, oraz starały się wytworzyć wśród społeczeństwa polskiego poczucie bezradności i absolutne podporządkowanie się woli okupanta.

Szczytowym punktem terroru - obok bezprecedensowego w historii świata ludobójstwa dokonanego na 6 milionach Żydów, zarówno polskich, jak i przywiezionych tu z innych krajów - były masowe egzekucje uliczne, dokonywane w dużych i małych miastach, a także we wsiach Generalnej Guberni. Rzezie te miały na celu wprowadzenie w życie dekretu gubernatora Hansa Franka z dnia 2 października 1943 roku, aby zwalczać wszelkie próby powstrzymywania Niemców przed tworzeniem Generalnej Guberni. Dekret ten przewidywał karę śmierci za najdrobniejsze przekroczenie ustalonych przez Niemców przepisów czy rozkazów. Karę śmierci można było wymierzyć za nielegalny ubój lub sprzedaż mięsa, za podnoszenie cen i inne przewinienia. Na mocy dekretu, w samej Warszawie, od 15 października 1943 do 1 sierpnia 1944 roku, gdy wybuchło Powstanie Warszawskie, w łapankach pochwycono i zastrzelono 9 500 ludzi, często w samym centrum miasta (według danych niemieckich 3 213 osób). Gdy tylko więźniowie usunęli ciała z miejsca kaźni, ludność Warszawy pokrywała je kwiatami, zapalała znicze i modliła się. Niejednokrotnie modlących się również rozstrzeliwano. Jeśli chodzi o resztę kraju, nie ma szczegółowych statystyk, ale straty szacuje się na kilka tysięcy osób. Celem takich egzekucji, podobnie jak przypadkowych zabójstw, było zastraszenie niepokornych Polaków i zmuszenie ich do całkowitego podporządkowania się.

Jednocześnie rozpoczęto całościową eksploatację wsi, która miała dostarczać Rzeszy żywność i siłę roboczą. Narzucone kontyngenty zboża, bydła, masła, mleka i jaj, które chłopi mieli dostarczać, ogołociły wieś z żywności. Jedynie dzięki ogólnie praktykowanemu sabotażowi (karanemu śmiercią) ludność wsi mogła przeżyć, a nawet szmuglować produkty spożywcze do miast, mieszkańcy których otrzymywali głodowe przydziały - za małe, by przeżyć, za duże by zginąć z głodu. Istniał też przymus pracy. W ciągu całej okupacji około 2 miliony ludzi zostały wywiezione na roboty do Niemiec.

W Generalnej Guberni zamknięto wszystkie wyższe uczelnie. Zakazano nauki historii i geografii w szkołach podstawowych i zawodowych. Wszystkie muzea, archiwa i biblioteki likwidowano, a ich zbiory niszczono lub wywożono do Niemiec. Niszczono pomniki i tablice pamiątkowe, wszystko, co mogłoby przypominać o historii Polski. W końcu wszystkie zakłady państwowe przeszły na własność Rzeszy, a przedsiębiorstwa prywatne, duże gospodarstwa rolne i budynki otrzymały niemieckich zarządców, co było równoznaczne z wywłaszczeniem.

Istniały duże różnice między warunkami panującymi na ziemiach zachodnich, w Generalnej Gubernii i pod okupacją sowiecką. Najważniejszą było to, że ludność Generalnej Guberni nie podlegała przymusowym przesiedleniom, podczas gdy w pozostałych regionach całe rodziny były wysiedlane na obszary zupełnie sobie obce, zarówno narodowościowo, jak i geograficznie, np. do azjatyckiej części Rosji, gdzie byli skazani na zagładę. Nawet w wypadku przesiedleń na tereny podobne, jak np. Generalna Gubernia, tak liczne masy ludzi nie miały szansy na prowadzenie normalnego życia, lecz musiały polegać na pomocy krewnych, przypadkowo poznanych obcych lub organizacjach charytatywnych. Deportacje na roboty do Niemiec różniły się od masowych deportacji tym, że dotyczyły jednostek, a nie całych rodzin. Jedyne masowe przesiedlenie miało miejsce na zamojszczyźnie, gdzie 110 000 chłopów z 297 wsi wysiedlono, by zrobić miejsce niemieckim kolonistom. Jednak ostra akcja odwetowa, spalenie wiosek, w których pojawili się niemieccy osadnicy, a w końcu odwrót wojsk niemieckich z frontu wschodniego sprawiły, że Niemcy zrezygnowali z tej operacji.

Generalna Gubernia różniła się od ziem wcielonych do Rzeszy również tym, że pozostawiono tam możliwość posługiwania się językiem polskim, pozostawiono też pewne instytucje, takie jak sądy niższej instancji, urzędy fiskalne, policję oraz administrację miejską i gminną. Mógł funkcjonować Polski Czerwony Krzyż oraz charytatywna organizacja Rada Główna Opiekuńcza. Mógł też działać, choć pod inną nazwą, Bank Polski, służąc Niemcom do wprowadzenia na terenie Generalnej Guberni nowej waluty. Mógł funkcjonować Narodowy Bank Ekonomiczny i Pocztowa Kasa Oszczędności. Rozszerzono zakres działalności Spółdzielni Spożywców "Społem", która zajęła się również racjonowaniem żywności.

Zamknięto wszystkie legalnie działające teatry, lecz małym teatrom pozwolono działać, ale z nowym programem, głównie pornograficznym, narzuconym przez niemiecka propagandę. Nie ukazywały się polskie czasopisma, z wyjątkiem pism brukowych podporządkowanych Niemcom, które miały służyć podkreślaniu różnicy między Generalną Gubernią i ziemiami wcielonymi do Rzeszy.

W Generalnej Guberni istniała znacznie większa swoboda poruszania się, również w obrębie najbliższego sąsiedztwa, mimo obowiązującej godziny policyjnej. W przeciwieństwie do ziem wcielonych do Rzeszy, nie było żadnych ograniczeń w podróżowaniu. Kontrola dokumentów, przeszukiwanie bagażu i areszt w razie znalezienia czegoś zabronionego, służyły zastraszeniu podróżujących koleją. Umożliwiało to - ryzykowne - szmuglowanie żywności do większych miast, bez czego nie przetrwałyby one czasu okupacji.

Łagodności restrykcji wymagał "etap pierwszy" niemieckiego planu, zgodnie z którym Generalna Gubernia miała pozostać na poziomie zapewniającym warunki prymitywnej egzystencji kilku milionów polskich robotów. Aby pozbawić Polaków wszelkich wyższych aspiracji, Niemcy stworzyli olbrzymi aparat terroru, podobny do działającego na ziemiach wcielonych do Rzeszy, gdzie kara śmierci, więzienia lub obóz koncentracyjny groziły za nawet najmniejsze przewinienie. Generalna Gubernia była, spośród wszystkich okupowanych krajów, terenem o największej koncentracji Gestapo, kierowanego przez ludzi znanych z bezwzględności. Działała sieć tysięcy informatorów rekrutujących się z tłumu lub Volksdeutschów (Polaków niemieckiego pochodzenia). Gestapo było wspierane przez żandarmerię i takie formacje policyjne, jak: Grenzschutz (straż graniczna), Bahnschutz (policja kolejowa), Werkschutz (policja zakładowa) i inne. Każdy Niemiec i każdy Volksdeutsch musiał należeć do Selbschutz (formacja samoobrony), wykorzystywanej również w działaniach przeciw ludności polskiej. Włączono też do działań wywiad wojskowy i policję kryminalną, a policja polska ograniczała się do wykonywania rozkazów ogólnych. Kontrolę nad ludnością polską wzmacniały oddziały SS składające się z ochotników z Ukrainy, Litwy, Łotwy, Estonii i - w ostatnim okresie okupacji - Rosjan, tak zwanych własowców.