W chwili wybuchu wojny w Polsce mieszkało 3,5 miliona Żydów, stanowiąc około 10% ludności. Tak wysoki odsetek był wynikiem długiego procesu historycznego. W 1264 roku książę kaliski Bolesław Pobożny ogłosił statut gwarantujący Żydom wolność religijną i autonomię dla gmin żydowskich. Gdy w innych krajach europejskich wybuchły prześladowania Żydów, zaczęła się masowa emigracja Żydów do Polski, gdzie następne wieki tolerancji sprzyjały wzrostowi liczebności i stworzeniu centrów żydowskiej kultury w miastach takich jak Lublin czy Wilno.

W czasie okupacji w 1939 roku około 2 miliony Żydów pozostało w Generalnej Guberni i na ziemiach wcielonych do Rzeszy, reszta zaś znalazła się w strefie okupacji sowieckiej. Po wybuchu wojny sowiecko-niemieckiej, wraz z błyskawicznym zajęciem ziem polskich przez Niemców, pod ich prawodawstwem znalazł się jeszcze milion Żydów. Reszta, około pół miliona, została wcześniej deportowana, wraz z Polakami, w głąb Rosji. Niektórym Żydom udało się zbiec do krajów skandynawskich (przez Litwę, zanim zajęli ją Rosjanie) i na Zachód, lub po otrzymaniu wiz japońskich przejechać tranzytem przez Rosję, dotrzeć do Japonii i dalej, np. do Australii.

Niemiecka polityka wobec polskich Żydów została sformułowana w dekrecie Centralnego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy z 21 września 1939 roku i określała rozwiązanie problemu żydowskiego etapami. Cel ostateczny, jakim była całkowita eksterminacja Żydów, nie został wyraźnie nazwany i pozostawał tajemnicą państwową. Dekret określał między innymi koncentrację Żydów w większych miastach i w wyznaczonych województwach. Na czele Urzędu Bezpieczeństwa stał Reinhard Heydrich, w imieniu którego Adolf Eichman podjął realizację planu.

Na początek Żydzi musieli nosić na ramieniu opaskę z Gwiazdą Dawida. Następnie skonfiskowano wszystkie należące do nich nieruchomości i część własności prywatnej. Wyrzucono ich z instytucji publicznych, lecz - na mocy dekretu gubernatora Hansa Franka z 26 października 1939 - wszyscy w wieku 16 - 60 lat podlegali obowiązkowi przymusowych robót. W związku z tym powstały specjalne obozy pracy (w szczytowym momencie przeprowadzania tej akcji istniało 300 takich obozów). Wreszcie 26 stycznia 1940 roku Żydom zakazano poruszania się i korzystania z publicznych środków transportu.

Jednak największa klęska pojawiła się wraz z utworzeniem zamkniętych gett, do których zwożono Żydów z całego kraju. Zdarzały się też przypadki mordowania Żydów na miejscu w małych miejscowościach, na przykład w Kleczewie (powiat Konin). Getto warszawskie powstało w listopadzie 1940, łódzkie już na początku 1941, krakowskie w marcu 1941. Rozporządzenie gubernatora Franka z 25 października 1941 stwierdzało, że: “Żydzi, którzy opuszczają wyznaczone dzielnice podlegają karze śmierci. Taka sama kara grozi osobom, które świadomie udzielają schronienia takim Żydom" - to znaczy Polakom.

To samo stwierdzenie powtarzało się wielokrotnie w różnych rozporządzeniach lokalnych władz niemieckich, wydawanych przez lata okupacji. Kara śmierci groziła Żydom za nielegalny zakup żywności, korzystanie z publicznych środków transportu, nienoszenie opaski. Dlatego zabicie Żyda przez Niemca z jakiegokolwiek powodu, lub nawet bez żadnego powodu, nie było karalne, gdyż Żydzi i Cyganie byli wyjęci spod prawa dekretem z 4 marca 1941 roku.

Zgodnie z dekretem, każdy obywatel, którego troje dziadków, należało do gminy żydowskiej, był Żydem. W wyniku tego, w getcie znalazło się wiele osób, których rodzice przechrzcili się i którzy w żadnym stopniu nie uważali się za Żydów.

Zarówno w obozach pracy, jak i w gettach, ludność żydowska była skazana na powolną śmierć z głodu, wyczerpania i chorób. Dzienna racja żywnościowa w warszawskim getcie wynosiła 184 kalorie. Dlatego śmiertelność, szczególnie wśród dzieci i ludzi w podeszłym wieku, była niezwykle wysoka, kilkakrotnie wyższa niż przed wojną. Przyczyniło się do tego również niebywałe zagęszczenie populacji, gdzie kilkanaście osób zajmowało jedno pomieszczenie.

Wśród tysięcy mieszkańców tego, co stało się największym więzieniem świata, otoczonym murami i strażą gettem, dniem i nocą debatowano nad tym, jak ocalić życie. Ludzie analizowali dwa i pół tysiąca lat życia w diasporze, prześladowań religijnych, pogromów rosyjskich i asymilacji w obcych krajach. Wnikliwie studiowali Talmud, Stary Testament, pisma rabiniczne i różne święte księgi. Zwolennicy ortodoksji ścierali się ze stronnikami bardziej umiarkowanych form judaizmu, socjaliści z nacjonalistami, każdy zaś poszukiwał rozwiązań politycznych. Osiągnięty consensus był jednomyślny w przekonaniu, że tylko całkowite podporządkowanie się wszystkim rozkazom faszystów oraz wydajna praca dla Niemców mogą dać szansę na dotrwanie do końca wojny. Należy powstrzymać się od wszelkiej działalności antyniemieckiej, porzucić partyzantkę prowadzona przez Polaków poza murami getta, zapomnieć o polskiej armii walczącej na Zachodzie z Rzeszą. Hasłem było: "To nie nasza wojna; to wojna Polaków z Niemcami". Wszystkie problemy Żydów rozwiązywała Rada Żydowska (Judenrat), na której czele stał były polski senator, Adam Czerniakow, a wcześniej sami Niemcy. Zasada posłuszeństwa obowiązywała przez ponad dwa lata, w ciągu których Żydzi nie prosili Polaków o żadną pomoc ani broń. Jedynie szmugiel żywności do getta był w pełnym rozkwicie, tolerowali go nawet Niemcy. Pisze o tym w swojej książce Przetrwanie Jacek Eisner.

Rozczarowanie i podstawowa zmiana zaszła dopiero w trzecim roku wojny, gdy w lipcu 1942 roku rozpoczął się ostatni etap - eksterminacja wszystkich Żydów mieszkających w gettach Generalnej Guberni. Zaczął się on masowymi egzekucjami Żydów we wschodniej Polsce i w Rosji, dokonywanymi przez tzw. Einsatzgruppen, które przybyły po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej, depcząc po piętach szybko posuwającej się niemieckiej armii. Wiosną 1942 roku Niemcy rozpoczęli transporty mieszkańców gett do obozów zagłady w Oświęcimiu, Treblince, Majdanku, Sobiborze, Bełżcu i Chełmie (dla Żydów zamieszkujących tereny wcielone do Rzeszy), oraz kilku mniejszych. Tam ginęli w komorach gazowych, a ich ciała kremowano lub układano w wielkie stosy i palono. Pierwszy transport z warszawskiego getta do Treblinki przybył 22 lipca 1942 roku. W ciągu dwóch miesięcy z 400 000 mieszkańców getta wywieziono 300 000.

Setki tysięcy Żydów przywiezionych z Włoch, Niemiec, Francji, Belgii, Holandii, Austrii i Czechosłowacji zostało zgładzonych w niemieckich obozach śmierci na terenie Polski. Według obliczeń Instytutu do Spraw Żydów w Nowym Jorku, z 9 612 000 Żydów mieszkających w Europie, 5 787 999 zginęło w czasie okupacji niemieckiej, z tego 1 500 000 zabito w krajach ich zamieszkania, głównie w zajętej przez Niemców części Związku Sowieckiego.

Źródła żydowskie oceniają, że Holocaust przeżyło 50 000 do 120 000 polskich Żydów. Według szacunków Kierownictwa Walki Cywilnej, w Polsce przeżyło 200 000 Żydów.

Marek Edelman, żyjący dotąd bohater Powstania w Getcie, ocenia, że w Warszawie 100 000 Polaków ukrywało 18 000 Żydów, przy założeniu, że dla ochrony jednego Żyda przez pewien okres czasu potrzeba było pięciu osób. Szacunki te wydają się zaniżone, ponieważ ukrywanie jednej osoby przez okres czterech do pięciu lat wymagało zmiany miejsca co kilka miesięcy, co daje co najmniej dziesięć rodzin, składających się z kilku osób. Każdy członek rodziny ukrywającej Żyda ryzykował życiem. Dlatego ogólna liczba Warszawiaków ryzykujących życie dla ratowania Żydów musiała wynosić dużo więcej niż 100 000.