W tym samym czasie wiele polskich organizacji podziemnych wystąpiło z propozycją rozwinięcia struktury organizacyjnej, przez którą przepływałaby cała pomoc dla Żydów. Za zgodą Delegata Rządu, Piekałkiewicza, 4 grudnia 1942 roku powstała Rada Pomocy Żydom - Żegota. Na jej czele stanął Julian Grobelny, socjalista, a jej siedziba znajdowała się w Warszawie. Oprócz przedstawicieli różnych działających w konspiracji partii politycznych, do Rady należeli również Leon Feiner (wiceprzewodniczący) i Adolf Berman (sekretarz). Rada posiadała filie w Krakowie, Lwowie, Zamościu i Lublinie, a oddziały w Radomiu, Kielcach i Piotrkowie. Rozwinęła ona i udoskonaliła dotychczasowe formy pomocy Żydom żyjącym w ukryciu poza murami gett: załatwiała im kwatery, dokumenty, żywność, opiekę medyczną, pomoc finansową oraz ułatwiała komunikację między członkami rodzin mieszkającymi w różnych miejscach. W samej Warszawie Rada opiekowała się czterema tysiącami osób, w tym 600 dziećmi. Środki finansowe zabezpieczyła Delegatura Rządu. Najpierw wynosiły one pół miliona złotych, a w listopadzie i grudniu 1944 wzrosły do 14 milionów złotych. W sumie, Żegota i organizacje żydowskie otrzymały ponad milion dolarów, 200 000 franków szwajcarskich i 37 400 000 złotych. W żadnym innym okupowanym przez Niemców kraju nie istniała organizacja podobna do Żegoty, mimo że terror wobec ludności aryjskiej w tych krajach nie był tak dotkliwy jak w Polsce.

Narastające zagrożenie masowej eksterminacji Żydów, skłoniło Kierownictwo Walki Cywilnej do wydania w dniu 17 września 1942 roku, następującej proklamacji:

Tragiczny los, jaki spotkał polski naród, zdziesiątkowany przez wroga, dopełniany jest od prawie roku przez straszną, zaplanowaną rzeź, przeprowadzaną na narodzie żydowskim. Takie masowe mordy nie mają precedensu w całej historii, a w dodatku dokonywane są z okrucieństwem nieznanym dotąd rodzajowi ludzkiemu. Niemowlęta, dzieci, ludzie młodzi, dorośli i starzy, zarówno katolicy jak i wyznający wiarę żydowską, są bezlitośnie mordowani, truci gazem, grzebani żywcem, wyrzucani przez okno z wysokich pięter na ulice, a wszystko to tylko dlatego, że są Żydami. Zanim umrą są torturowani powolną agonią, w największym poniżeniu i bólu, wobec cynicznego sadyzmu ich oprawców. Zamordowano już ponad milion ofiar, a ich liczba rośnie każdego dnia.

Nie mogąc zapobiec tym zbrodniom, Kierownictwo Walki Cywilnej składa w imieniu całego narodu polskiego protest przeciwko zagładzie, przygotowywanej dla narodu żydowskiego. Do protestu tego dołączają się wszystkie polskie grupy polityczne i cywilne. Tak samo jak w przypadku polskich ofiar niemieckich prześladowań, wykonawcy i ich kaci będą bezpośrednio odpowiedzialni za te zbrodnie.

Kierownictwo Walki Cywilnej.

Proklamacja ta została opublikowana przez całą prasę podziemną, przesłana do Londynu i wielokrotnie odczytana przez BBC, radio ŚWIT i inne alianckie stacje radiowe.

18 marca 1943 roku to samo Kierownictwo Walki Cywilnej wystosowało następną proklamację, aby przeciwdziałać stosowaniu szantażu wobec Polaków udzielających schronienia Żydom:

Kierownictwo Walki Cywilnej ogłasza, co następuje: naród polski, sam będąc ofiarą straszliwego terroru, z przerażeniem i współczuciem zaświadcza o rzezi pozostałej jeszcze przy życiu ludności żydowskiej w Polsce. Ich protest przeciw tej zbrodni doszedł do uszu wolnego świata. Ich owocna pomoc Żydom uciekającym z gett i obozów zagłady, skłoniła niemieckiego okupanta do wydawania dekretów grożących śmiercią Polakom, którzy będą pomagać Żydom w ukrywaniu się. Ale niektórzy, pozbawieni czci i honoru, rekrutujący się ze świata przestępczego, odkryli nowe, świętokradcze źródło korzyści: szantażowanie Polaków ukrywających Żydów i samych Żydów.

Kierownictwo Walki Cywilnej ostrzega, że każdy przypadek szantażu będzie zarejestrowany i ukarany z całą surowością - jeśli to możliwe natychmiast, jeśli nie - w przyszłości.

Zgodnie z instrukcjami Kierownictwa Walki Cywilnej, po ogłoszeniu niniejszej proklamacji, sądy podziemne wydały wiele wyroków śmierci. Prasa podziemna i radio podawały, gdy taki wyrok wykonano (przez rozstrzelanie). Za prześladowanie Żydów wyroki wykonano na następujących Polakach: Bogusławie alias Borysie Pilniku, Warszawa; Antonim Rozmusie, dowódcy plutonu policji kryminalnej w Warszawie; Janie Grabcu, Kraków; Wacławie Noworolnym, Lipnica Wielka; Tadeuszu Stefanie Karczu, Warszawa; Franciszku Sokołowskim, Podkowa Leśna; Antonim Pajorze, Dobranowice; Januszu Krystku, Grębków; Janie Lakińskim, Warszawa; Bolesławie Szostaku, Warszawa; Antonim Pietrzaku, Warszawa.

W nagłych przypadkach, kiedy przedłużenie sprawy mogło zagrażać życiu lub bezpieczeństwu ukrywających się Żydów lub ukrywających ich ludzi, Kierownictwo Walki Cywilnej, dekretem z dnia 7 lutego 1944 roku, zezwoliło na natychmiastową likwidację szantażystów i donosicieli, bez wyroku sądowego, lecz jedynie na podstawie rozkazu miejscowych władz Podziemia, najczęściej dowódcy Walki Cywilnej. Na przykład miejscowy dowódca, Witold Rudnicki, wydał rozkaz rozstrzelania bez wyroku sądowego czterech szantażystów grożących zdradą Żydów ukrywających się w Pustelniku k.Warszawy.

Wcześniej, na początku lipca 1942, Kierownictwo Walki Cywilnej zaczęło regularnie informować Rząd w Londynie o każdym nowym kroku naprzód w prześladowaniu Żydów. Naczelnicy sekcji żydowskiej w Delegaturze Rządu i Komendy Głównej AK dostarczali Kierownictwu Walki Cywilnej aktualne informacje o rozwoju sytuacji.

Niestety, pierwszym informacjom - w tym również wiadomości o tym, że 22 lipca 1942 rozpoczęła się likwidacja getta w Warszawie - w Londynie nie dano wiary, gdzie wzięto je za przesadzoną propagandę antyniemiecką.

26 lipca 1942. Niemcy rozpoczęli likwidację warszawskiego getta. Obwieszczenia uliczne nakazują deportację 6 000 osób, z których każda może zabrać ze sobą 15 kg bagażu osobistego plus kosztowności. Transport ma zająć dwa pociągi towarowe, a jego przeznaczeniem jest oczywiście egzekucja. Panuje desperacja i odnotowujemy liczne samobójstwa. Wycofano polską policję i zastąpiono ją Litwinami, Łotyszami i Ukraińcami. Zanotowano wiele przypadków wykonywania doraźnych wyroków śmierci na ulicach i w domach. Doktor Raszeja, profesor Uniwersytetu Poznańskiego, został zastrzelony podczas konsultacji z żydowskim lekarzem i pacjentem.

Dopiero gdy Wywiad Brytyjski potwierdził te informacje kilka miesięcy później, zaczęto właściwie korzystać z wiadomości Kierownictwa Walki Cywilnej.

Oto cytaty ważniejszych informacji od szefa Kierownictwa Walki Cywilnej, Stefana Korbońskiego ("Nowak"). Pierwsza dotyczy mało znanego wydarzenia - pierwszego starcia zbrojnego w warszawskim getcie, które miało miejsce na trzy miesiące przed wybuchem powstania:

"29 stycznia 1943. W ostatnich dniach Żydzi w warszawskim getcie walczyli z bronią w ręku i zabili kilku Niemców. Żydowski Komitet Narodowy prosi, aby tę informację przekazano Histadrutowi w Palestynie.

18 marca 1943. Zlikwidowano resztę Żydów w Radomsku, Ujeździe, Sobolewie, Radzyminie i Szczerbcu koło Lwowa.

23 marca 1943. W Oświęciumiu przeprowadza się doświadczenia ze sterylizacją kobiet. Nowe krematoria mogą skremować 3 tysiące ciał dziennie, są to głównie Żydzi.

30 marca 1943. 13, 14 i 15 marca Żydów z krakowskiego getta wywieziono ciężarówkami w kierunku Oświęcimia. W getcie zabito około 1 000 ludzi. Żydów z Łodzi wywozi się w kierunku Ozorkowa i tam likwiduje.

8 maja 1943. Likwidacja getta zakończona. Spalono 200 domów. Zastrzelono członków Rady Żydowskiej przetrzymywanych od 19 kwietnia jako zakładników. Byli to: przewodniczący Lichtenbaum, zastępca przewodniczącego Gustaw Wielikowski, Alfred Sztocman i Stanisław Szereszewski. Ich ciała wyrzucono na śmietnik.

3 czerwca 1943. Nieustannie powtarzajcie polecenie Kierownictwa Walki Cywilnej udzielania pomocy ukrywającym się Żydom.

10 czerwca 1943. W Oświęcimiu Blok X przeznaczono dla Centralnego Instytutu Higieny z Berlina jako pole doświadczalne. Kastracja, sterylizacja i sztuczne zapłodnienie. Obecnie przebywa tam 200 Żydów i 25 Żydówek.

28 lipca 1943. We Lwowie, w obozie pracy Janowskie przebywa jeszcze około 4 000 Żydów. Codziennie rano na apelu dwóch rabinów zmuszanych jest do tańczenia foxtrota w rytm muzyki granej przez żydowską orkiestrę.

31 sierpnia 1943. Z początkiem tego miesiąca rozpoczęła się likwidacja Żydów w Będzinie. Około 7 000 osób wywieziono do Oświęcimia. Najpierw giną młodzi. Stan na 1 stycznia tego roku: liczba Żydów w Polsce (również w obozach, gettach i ukrywających się) - 250-300 tysięcy. Z tego 15 tysięcy w Warszawie, 80 tysięcy w Łodzi, 30 tysięcy w Będzinie, 12 tysięcy w Wilnie, 20 tysięcy w Białymstoku, 8 tysięcy w Krakowie, 4 tysiące w Lublinie i 5 tysięcy we Lwowie.

23 września 1943. Zlikwidowano getto w Będzinie. Niemcy zamordowali 30 tysięcy ludzi.

19 listopada 1943. Trwa mordowanie Żydów w Trawnikach. Masakry również w Poniatowej i Lwowie.

20 czerwca 1944. Od 15 maja przeprowadza się masowe egzekucje w Oświęcimiu. W pierwszej kolejności idą Żydzi, później sowieccy jeńcy wojenni i tak zwani “chorzy”. Przybywają duże transporty węgierskich Żydów, 13 pociągów dziennie, każdy po 40-50 wagonów. Ludzie są przekonani, że zostaną wymienieni za członków POW lub przesiedleni na wschód. Komory gazowe pracują całą dobę. Ciała pali się w krematoriach i na wolnym powietrzu. Dotąd zagazowano 100 000 ludzi.

19 lipca 1944. Mordem Żydów w Oświęcimiu kieruje dowódca obozu, Hoess - czyt. Hess - i jego pomocnik, Grabner."